پژوهشگاه از نظر تشکیلاتی از مرکز اطلاعات و مدارک علمی ایران، معاونت پژوهش و معاونت اداری و مالی و دفتر اشتراک منابع، دفتر تحقیق و توسعه، دفتر سیستمهای رایانه‌ای، مدیریت روابط عمومی و دفتر تجاری‎سازی تشکیل شده است. همچنین هم‌اکنون، پژوهشگاه دارای سه پژوهشکدهء، شامل پژوهشکدهء مدیریت دانش، پژوهشکدهء مدیریت فناوری اطلاعات و پژوهشکدهء علم‎سنجی و تحلیل اطلاعات است و تاکنون طرحهای پژوهشی بسیاری در زمینهء علوم و فناوری اطلاعات و مدیریت اطلاعات علم و فناوری در سطح کشور در پژوهشگاه به انجام رسیده است.
این پژوهشگاه با بیش از چهل سال سابقه، در مسیر گردآوری، سازماندهی و اشاعهء اطلاعات علم و فناوری در حوزه‌های مختلف علوم، فعالیت کرده و تجربه و دانش مدیریت نظام علم و فناوری در سطح کلان را به‌دست آورده است، به‌طوری که در حال حاضر پایگاه‎های اطلاعاتی پژوهشگاه با بیش از ۶۱۵ هزار رکورد اطلاعاتی که ۱۲۶ هزار و ۸۴۷ رکورد آن به پایان‌نامه‌های کارشناسی‌ارشد و دکترا اختصاص دارد. به‌طور میانگین روزانه ۲۲ هزار نفر بازدیدکننده داشته و بر اساس گزارش شورای عالی اطلاع‌رسانی، از نظر حجم محتوا، مقام اول را در میان پایگاه‌های‌وب دولتی داراست.