حوزه علمیه مشهد پس از شهریور ۱۳۲۰ وارد دوره ویژه‌ای از حیات خود شد. احیای دوباره حوزه علمیه مشهد پس از سقوط رضاشاه به طور خاص مرهون کوشش‌های سه شخصیت علمی برجسته یعنی میرزا احمد کفایی، شیخ مرتضی آشتیانی و میرزا مهدی اصفهانی بود.طی سه دهه اخیر، هم زمان با تحولات عمیق اجتماعی، دگرگونی‌های عمده‌ای در حوزه علمیه مشهد رخ داده است. پس از پیروزی انقلاب اسلامی حوزه علمیه مشهد در مسیر آرمان‌های آن بازسازی شد.
این مجموعه ۱۶۷۳۹۹ جلد کتاب، ۴۴۸۲ پایان نامه،۱۲۲۳ منابع دیداری شنیداری،۵۶۴ نسخه خطی،۵۵۷ مقاله،۳۶۳ چاپ سنگی، ۴۸ پیاپند و ۹۷۱۷ منابع دیجیتال را در اختیار دارد.

حوزه علمیه خراسان در سال ۱۳۹۴ با همکاری پارس آذرخش سیستم یکپارچه نرم‌افزار آذرسا را در کتابخانه خود پیاده سازی نمود.