کتابخانه مرکزی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان در سال ۱۳۶۶ پس از تشکیل وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی و بعد از جدا سازی دو دانشگاه (اصفهان و علوم پزشکی) به طور مستقل در ۷ بخش (بخش اداری، بخش سفارشات و ثبت منابع اطلاعاتی، بخش اطلاعﺭسانی (خدمات جستجوی مدلاین)، بخش سمعی و بصری، بخش پایان نامه و بخش امانت ) با مجموعه ای در حدود ۱۵۰۰ عنوان کتاب فارسی و لاتین در فضایی به وسعت ۱۰۰ متر مربع فعالیتهای تخصصی خود را بصورت نیمه متمرکز در سطح دانشگاه آغاز نمود.

در سال ۱۳۷۲ کتابخانه مرکزی با پیگیری کارشناسان و مدیریت وقت کتابخانه و همچنین ورود فناوری های نوین در امر اطلاع رسانی، استاندار رده بندی خود را از دیوئی به  زده بندی پزشکی NLM تغییر و راهکار های نوینی را برای سازماندهی و ارائه خدمات امانت به اعضاء خود پیش گرفت و با خرید نسخه Dos نرم افزار  کتابخانه ای پارس آذرخش توانست خود را به عنوان معدود کتابخانهﻫﺎیی که سازماندهی و امانت منابع خود  را به روش مکانیزه انجام می داد در سطح کشور مطرح نماید.

با توجه به سیاست معاونت پژوهشی در سال ۱۳۷۷ بخش امانت کتابخانه مرکزی با هدف حذف فعالیتهای خدماتی از کتابخانه مرکزی  منحل و تمام  منابع منحصر به فرد موجود در آن اعم از کتابهای فارسی و لاتین، پایان نامه ها، اسلاید ها و فیلم و CDهای آموزشی به دیگر کتابخانهﻫﺎی دانشگاه انتقال یافت و کتابخانه مرکزی تنها به عنوان یک واحدی که فعالیتهای ستادی شامل سیاستگذاری، هدایتی و نظارتی را بر عهده داشت به امر برنامه ریزی و پشیتبان کتابخانهﻫﺎی دانشگاه پرداخت.

در سال ۱۳۷۹ با رونق گرفتن استفاده از اینترنت در خدمات کتابداری و از جمله سازماندهی منابع با استفاده از پایگاههای مختلف ارائه دهنده منابع الکترونیکی، کتابخانه مرکزی توانست سازماندهی منابع را باسرعت بسیار خوبی به انجام برساند، در همین زمان کتابخانه مرکزی دانشگاه جهش بزرگی در جهت ارائه خدمات هر چه بهتر به اعضاء خود برداشت و موفق شد بالغ بر ده پایگاه اطلاعاتی که شامل ۵۰۰۰ ژورنال الکترونیکی تمام متن بود را به جامعه علمی تقدیم نماید و گام بزرگی در جهت اطلاع رسانی پزشکی بردارد. سپس نرم افزار جامع اطلاع رسانی خود را از محیط Dos به محیط ویندوز ارتقاء داد و متعاقب آن عملیات بارکدگذاری کتب موجود در تمام کتابخانه های دانشکده ها و بیمارستان الزهرا که یکی از بزرگترین کتابخانه های مراکز آموزشی تحت پوشش کتابخانه مرکزی بود را انجام دهد و به عنوان اولین دانشگاهی که تمام خدمات  کتابخانه های خود را کاملا ماشینی کرده است در سطح کشور مطرح شد.