این دانشگاه در سال ۱۳۵۰ با عنوان “آموزشگاه بهیاری” زیر نظر جمعیت هلال احمر شروع به کار نمود و در سال ۱۳۵۲ تحت پوشش وزارت بهداری آن زمان به “مدرسه عالی مامایی” تغییر نام داد.
در سال ۱۳۶۱ با نام دانشکده پرستاری و مامایی شهید باهنر و از سال ۱۳۷۱ بدنبال انتزاع از دانشگاه علوم پزشکی سمنان با عنوان دانشکده علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شاهرود زیر نظر مستقیم وزارت بهداشت به فعالیت خود ادامه داد.
در یکصدوهفتادو نهمین جلسهی مورخ ۱۲/۱۲/۸۵ شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی ،پذیرش دانشجوی رشتهی پزشکی در دانشکده مورد موافقت اصولی قرار گرفت و با اعطای این مجوز ،بستر لازم برای تاسیس دانشکدهی جدید و ارتقای دانشکده به دانشگاه فراهم گردید.