دانشگاه علوم و معارف قرآن کریم در سال ۱۳۶۸ با مجوز وزارت فرهنگ و آموزش عالی به مراکز آموزش عالی کشور پیوست و در سال های بعد مجوز پذیرش دانشجو در مقطع کارشناسی به نام دانشکده علوم قرآنی کسب کرد و از سال ۱۳۸۷ با مجوز وزارت علوم تحقیقات و فناوری با عنوان ” دانشگاه علوم و معارف قران کریم ” به انجام رسالت های آموزشی و پژوهشی پرداخته و اکنون دارای هفده دانشکده پایه و چهار دانشکده تخصصی در سراسر کشور در مقاطع کارشناسی و کارشناسی ارشد و دکتری می باشد. مجوز پذیرش دانشکده در دانشکده علوم قرآنی لبنان هم در حال پیگری است.