دانشکده اصول الدین سالها پیش و  آنگاه که حوزه علمیه نجف مرکزیت جهان تشیع را داشت توسط علامه سید مرتضی عسکری و با این هدف که مبلغینی را از کشورهای مختلف جهان جمع کرده و آموزش داده و به عنوان سفیران اسلام به کشورهای خود بازگرداند در بغداد پی ریزی شد که از دانش آموختگان آن می توان به آقای نوری مالکی نخست وزیر عراق، دکتر خضیر عباس وزیر آموزش و پرورش و …. اشاره کرد. لکن بواسطه فعالیت و مبارزات سیاسی علامه عسکری که منجر به خروج اجباری ایشان از عراق شد؛ این دانشکده و دبیرستان های تابعه آن نیز توسط دولت بعثی مصادره شد تا اینکه در سال ۱۳۷۴ رهبر معظم انقلاب حضرت آیت ا… خامنه ای طی نامه ای با دست خط مبارک خود خطاب به علامه عسکری از ایشان خواستند که دانشکده اصول الدین را مجددا در ایران راه اندازی نماید و بدین ترنیب پس از تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی و اخذ مجوزهای لازم از وزارت علوم تحقیقات و فناوری اولین شعبه در قم به سال ۱۳۷۵، و سپس شعب دزفول، تهران و ساوه راه اندازی و اقدام به پذیرش دانشجو نمود.