حوزه علمیه مشهد پس از شهریور ۱۳۲۰ وارد دوره ویژه‌ای از حیات خود شد. احیای دوباره حوزه علمیه مشهد پس از سقوط رضاشاه به طور خاص مرهون کوشش‌های سه شخصیت علمی برجسته یعنی میرزا احمد کفایی، شیخ مرتضی آشتیانی و میرزا مهدی اصفهانی بود.طی سه دهه اخیر، هم زمان با تحولات عمیق اجتماعی، دگرگونی‌های عمده‌ای در حوزه علمیه مشهد رخ داده است. پس از پیروزی انقلاب اسلامی حوزه علمیه مشهد در مسیر آرمان‌های آن بازسازی شد.
این مجموعه 167399 جلد کتاب، 4482 پایان نامه،1223 منابع دیداری شنیداری،564 نسخه خطی،557 مقاله،363 چاپ سنگی، 48 پیاپند و 9717 منابع دیجیتال را در اختیار دارد.

حوزه علمیه خراسان در سال 1394 با همکاری پارس آذرخش سیستم یکپارچه نرم‌افزار آذرسا را در کتابخانه خود پیاده سازی نمود.