در تاریخ ۳/۸/۷۳ در پنجاهمین جلسه “شورای عالی اداری کشور”، بنا به پیشنهاد مشترک “وزارت راه و ترابری” و “سازمان امور اداری و استخدامی کشور” با جدایی وظایف حمل‌ونقل جاده‌ای از تشکیلات وزارت متبوع و ادغام آن در “شرکت سهامی خاص پایانه‌های عمومی وسایل نقلیه باربری”، “سازمان حمل‌ونقل و پایانه‌های کشور” ایجاد و اولین تشکیلات “سازمان حمل‌ونقل و پایانه‌های کشور” در سال ۱۳۷۴ به تصویب رسید.
این سازمان در بدو تاسیس دارای دو شرکت وابسته به نام‌های “شرکت حمل‌ونقل جمهوری اسلامی ایران” و “شرکت حمل‌ونقل بین‌المللی جمهوری اسلامی ایران” بود که در سال ۱۳۸۱ طبق مصوبه شورای عالی اداری، “شرکت حمل‌ونقل جمهوری اسلامی ایران” از سازمان منفک شد.