سازمان بورس و اوراق بهادار یک موسسه عمومی غیردولتی دارای شخصیت حقوقی و مالی مستقل است که از محل کارمزدهایدریافتی و سهمی از حق‎پذیرش شرکت‌ها در بورس‌ها و دیگر درآمدها اداره می‌شود.
منابع لازم برای آغاز فعالیت و راه‌اندازی این سازمان (در سال ۱۳۸۴) از محل وجوه امانی «شورای بورس (سابق)» نزد «سازمان کارگزاران بورس اوراق بهادار تهران (سابق)» تامین شد.
پیش از تأسیس سازمان بورس و اوراق بهادار (در سال ۱۳۸۴)، «سازمان کارگزاران بورس اوراق بهادار تهران (سابق)»، هم‎زمان، عهده‎دار نظارت و عملیات بازار اوراق بهادار ایران بود؛ ولی، با تصویب قانون بازار اوراق بهادار جمهوری اسلامی ایران توسط مجلس شورای اسلامی (۱ آذر ۱۳۸۴) عملیات اجرایی بورس‎ها به بورس اوراق بهادار تهران، فرابورس ایران، بورس کالای ایران و بورس انرژی (همگی در قالب شرکت سهامی عام) و مسئولیت نظارت بر این بورس‎ها، نهادهای مالی و اوراق بهادار به شورای عالی بورس و اوراق بهادار و سازمان بورس و اوراق بهادار واگذار شد. ریاست سازمان بورس و اوراق بهادار از ابتدای تأسیس بر عهده علی صالح‌آبادی بود و در ۲۵ آذر ۱۳۹۳، محمد فطانت‌ فرد عهده‌دار این وظیفه شد.