در پی تصویب قانون تشکیل وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی و ابلاغ حکم وزیر محترم بهداشت درمان و آموزش پزشکی، دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی شهید بهشتی از شهریورماه سال ۱۳۶۵ با ادغام بعضی از واحدهای آموزشی و درمانی وابسته به وزارت بهداری و دانشگاه ملی سابق به شرح زیر شروع به فعالیت نمود:
بدو تاسیس دانشگاه در سال ۱۳۶۵، تعداد دانشکده ها ۵ ، تعداد دانشجویان ۴۰۲۷ و تعداد رشته ها ۵۶ بود.
در حال حاضراین دانشگاه، تعداد ۹ دانشکده‌، ۴۳ مرکز تحقیقات، ۱۷ بیمارستان و ببش از ۴۷۶.۰۰۰ نفر را تحت پوشش خود دارد .